工作流管理系统在实施阶段能够演化为基本理念，是因为系统使用了典型的三层结构管理模式：客户层，中间层和数据层。工作流流管理系统是有别于ERP，还有其他一些普通的企业管理信息系统，它们的目的都是提高企业事务处理效率和水平的，而工作流管理系统则是面向整个市场和客户的，最终目的是提高企业的业务处理水平和市场应变能力。

实施工作流管理系统之前需要先完成企业战略目标和工作流实施的分析。工作流管理系统的在实际应用中分为模型建立阶段、模型实例化阶段和模型执行阶段三个实施阶段。模型建立阶段是通过把企业的业务处理过程转化为计算机处理的工作流模型，这一阶段是利用工作流建模工作去完成模型建立的；模型实例化阶段完成运行相关参数的设置，分配活动执行的资源（包含资源、人员和应用）；模型执行阶段是完成业务过程的执行，这个阶段的主要任务是完成人机交互和应用的执行，并且监控和跟踪此过程中的所有活动的执行情况。

在工作流管理系统的实施阶段中的系统设计过程，是根据用户职责的不同分为过程创建者、系统管理员、一般用户三种。过程创建者是由业务人员和技术人员组成，主要是负责流程的定义建模；系统管理员负责系统的配置和维护，系统中执行的所有活动的监控；而一般用户是人工活动的执行者，系统为其分配任务、给予指示，配合完成流程的执行。

因为工作流管理系统和普通的事务处理系统有着明显的区别，所以工作流系统在企业的实施方法上也有异于普通的事务处理系统。工作流管理系统的最终目标是提高企业整个业务层的业务处理水平，并且强化企业的市场意识，提高企业对市场的应变能力。此外，工作流管理系统的设计与实施能够解决项目管理中的一些瓶颈，并实现对业务流程的集成管理。通过工作流系统的应用加强业务处理流程的透明度，提高了工作效率，体现了工作流系统的应用价值。